Desde el Obispado señalaron que durante los años que Francisco José Pérez estuvo al frente de la diócesis creo el seminario de Nuestra Señora de los Apóstoles, impulsó las vocaciones y la pastoral juvenil, consolidó las asociaciones de fieles e instituyó varios cauces de formación para los laicos como el Centro Diocesano de Teología.
En este sentido, en la página web dedicada al primer obispo de Getafe aparecen algunas gracias y favores recibidos por su intercesión, así como testimonios, y se piden más aportaciones a través de la Delegación para las Causas de los Santos.
Francisco José Pérez fue nombrado obispo de la recién creada diócesis de Getafe, que engloba a 48 municipios y un millón y medio de habitantes, en 1.991 y falleció el 24 de febrero de 2004 de forma repentina en su domicilio del cerro de los Angeles, a la edad de 73 años, a causa de un aneurisma.
Era vocal de la comisión episcopal de seminarios y universidades, y de la subcomisión de universidades en la Conferencia Episcopal Española, y su lema episcopal era: “Muy gustosamente me gastaré y me dejaré desgastar por vuestras almas”.
Su primera misión pastoral fue la de párroco de Alpedrete en 1.956, y posteriormente fue director espiritual del seminario de Madrid, hasta que en 1.985 fue designado obispo auxiliar de Madrid y luego obispo de Getafe, municipio en el que se construyó una estatua en su honor frente a la catedral de La Magdalena.
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