Peces-Barba presidió en junio de 1989 la comisión gestora de la universidad Carlos III y fue su rector desde su puesta en funcionamiento, en el curso 1990-1991, hasta 2007, cuando fue sustituido por Daniel Peña.
Además, en la Carlos III ejerció como catedrático de Derecho Moral y Político hasta su jubilación, en 2008.
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